香港留學申請公司的收費方式可能因公司不同而異，但通常包括以下幾種方式：

申請費用：申請香港留學需要支付一定的申請費用，包括申請表費用、材料翻譯費用、郵寄費用等。留學申請公司可能會收取一定的申請費用，以支付相關費用。

顧問費用：留學申請公司可能會收取一定的顧問費用，以支付顧問的服務費用。顧問可能會為申請者提供多種服務，包括院校評估、申請指導、文書修改、面試準備等。

中介費用：留學申請公司可能會收取一定的中介費用，以支付公司運營和管理的費用。這些費用可能包含公司的員工成本、辦公室租金、宣傳費用等。

需要注意的是，香港留學申請公司的收費應當合理透明，應當明確收費項目和標準，避免收取過高的費用或者無法解釋的費用。申請者在選擇留學申請公司時，應當謹慎選擇，選擇正規、信譽良好的公司，以避免遭受不必要的經濟損失。